گمرک ایران تاکید کرده که استفاده کنندگان از خدمات گمرک، در صورت داشتن هرگونه اعتراض یا شکایت از روند ارائه خدمات گمرکی، آن را به صورت الکترونیکی ثبت کنند. گمرک جمهوری اسلامی ایران از ذی‌نفعان خواسته است تا در صورت هرگونه شکایت و اعتراض نسبت به نحوه ارائه خدمات گمرکی، آن را از طریق سامانه جامع گمرکی و به صورت الکترونیکی ثبت و پیگیری کنند.

سامانه پیشخوان خدمات الکترونیکی گمرک به منظور کنترل و رصد تمامی فرآیندهای مربوط به تشریفات گمرکی صاحبان کالا یا نمایندگان قانونی آن‌ها، طراحی و راه‌اندازی شده تا صاحبان کالا بتوانند در هر مرحله از عملیات گمرکی، نسبت به ثبت اعتراضات و شکایات احتمالی خود در ارتباط با نحوه ارائه خدمات اقدام کنند.

به این ترتیب، استفاده کنندگان از امور گمرکی می‌توانند اعتراضات و شکایات خود را از طریق آدرس اینترنتی club.irica.co ثبت کنند تا مورد رسیدگی قرار گیرد. بر این اساس، در پیشخوان خدمات الکترونیکی گمرک، ثبت الکترونیکی شکایات در دو حالت امکان‌پذیر است که شامل ثبت الکترونیکی شکایت، بدون شماره سریال اظهارنامه یا شکایت با شماره سریال اظهارنامه می‌شود. مراحل کار به این صورت است که فرد شاکی باید پس از ورود به سامانه در آن ثبت نام کرده و پس از ورود به سامانه، به قسمت اظهارنامه وارد شود.

در صورتی که فرد شماره سریال اظهارنامه در اختیار داشته باشد، می‌تواند آن را در محل مشخص شده ثبت کند که پس از ثبت، با دریافت اطلاعات اظهارنامه، ثبت شکایت در مورد آن مقدور می‌شود. اما در صورتی که فرد شاکی شماره سریال اظهارنامه نداشته باشد، با واردکردن نام گمرک می‌تواند از روند اجرای امور گمرکی در آن گمرک خاص شکایت به عمل آورد.

گمرک جمهوری اسلامی ایران با راه‌اندازی و استقرار سامانه جامع امور گمرکی و پنجره واحد تجارت فرامرزی و تغییر شیوه عملیات گمرکی از روش دستی به دیجیتالی در رویه‌های مختلف از جمله واردات، صادرات و ترانزیت و تبادل الکترونیکی داده‌ها با سازمان‌های صادرکننده مجوزهای قانونی و همچنین اجرای طرح کارشناسی متمرکز با هدف استفاده کامل از ظرفیت نیروی کارشناسی تمامی گمرکات کشور، به دنبال افزایش شفافیت در مراحل ترخیص کالا، کاهش ایستگاه‌های کاری، زمان و هزینه ترخیص کالا و تسهیل و تسریع در تجارت خارجی بوده و بر اساس گزارشات رسیده تاکنون نیز در این حوزه موفق عمل کرده است.